自然资源预算定额研究所开展自然资源支出预算定额标准理论、方法研究和定额标准制修订工作，建立健全预算定额标准体系，开展预算标准使用情况跟踪评估，建设项目支出定额标准管理信息系统；开展预算绩效管理研究，支撑自然资源部门预算绩效目标管理、过程监控、绩效评价等工作；支撑自然资源部门预算管理制度建设、预算编制评审、预算标准宣贯与培训、数据库建设等工作。