环境经济研究所开展自然资源与国土空间开发利用的环境、生态、地质灾害问题管制经济学、政策制度、战略规划研究，开展自然空间和自然生态保护与修复、地质灾害防治等管理理论方法、标准规范研究。承担古生物化石保护，地质（矿业）遗迹保护与相关国家公园类自然保护地建设，承担地热、矿泉水、地下水资源、地质灾害防治、矿山生态修复等相关自然资源管理的业务支撑和研究工作；承担自然资源部矿山地质环境保护与土地复垦方案、矿产资源开发利用与生态保护修复方案等的组织评审及其监管工作的技术支撑。